扬子江生态文明创新中心由江苏省政府、南京市政府与南京大学等单位共同发起成立。中心面向长江经济带高质量发展和生态文明建设重大战略需求，以习近平生态文明思想为指引，以构建绿色技术创新体系为目标，以打造“绿色技术创新与人才培养制高点、生态环保产业培育助推器、高质量发展智囊团、科技体制机制改革试验田”为战略定位，组织、牵头、统筹、集聚、协同国内外生态环境科技优势资源，构建“政-产-学-研-用-金-介”深度融合的高水平科技创新平台。贯通绿色技术研发、应用推广、产业发展全链条，助力解决重化围江、长江生态修复、绿色产业发展等关键问题，形成长江经济带生态文明建设可复制、可推广的“南京样板”，推进南京“创新名城”建设与长三角高质量发展。
中心构建“三院三平台四支撑”核心框架体系，重点建设生态环保产业技术研究院、源头创新研究院和绿色菁英创新学院。依托资金基金、体制机制、载体生态、高端智库等四大支撑，助力跨越科技成果转化的“死亡鸿沟”，为长江经济带高质量发展提供重要技术支撑。